全面分析癌症患者血液的表观基因组图谱技术

利用1mL血浆全面分析癌症患者表观基因组图谱技术

        液体活检循环肿瘤DNA（ctDNA）分析作为一种靶向检测突变和监测癌症复发的微创手段，在临床肿瘤学中获得了越来越多的关注。大多数临床ctDNA检测侧重于基因组改变，这限制了检测肿瘤组织其他临床重要特征的能力，例如识别调控癌症表型的转录程序及其在疾病过程中的动态变化的能力有限。

        为了克服这一限制，Dana-Farber癌症研究所的研究团队开发了一种利用1mL血浆全面分析癌症患者表观基因组图谱的方法，该方法可提供基因表达关键调控因子的全方位评估：DNA甲基化、活性启动子和活性增强子。在一项对晚期癌症患者队列进行的概念验证研究中，证实该方法捕获了临床相关信息，例如组织学亚型、治疗耐药的表观遗传相关性和预后标志物的表达，可用于指导临床治疗选择。该研究发表在Nature Medicine上，文章题为“Liquid biopsy epigenomic profiling for cancer subtyping”。 

        该研究结果表明，检测患者血浆中的基因调控因子可以识别临床相关的疾病表型。这项概念验证研究的重点是转移性癌症，因此还需要进一步评估这种方法在大型前瞻性队列中的效用，以及在早期疾病和非肿瘤性条件下的表现。该检测方法只需要标准临床采集管中1mL血浆，因此可以回顾性地应用于带有临床信息的样本库。此外，组蛋白修饰的沉积和去除是动态的，可提供基因调控的实时信息，以补充DNA甲基化。因此，该方法将使表观遗传变化驱动的获得性治疗耐药性的体内研究成为可能，并允许对随疾病进展而改变的治疗靶点进行纵向评估。

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41591-023-02605-z